Esta es una idea genial. Joshua Beckman ha creado un theme básico llamado Naked WordPress en el que cada parte del código está comentada, indicando que hace cada función.
La utilidad de esto depende del grado de conocimiento que tengas de las tripas de WordPress. Para desarrolladores que no tengan tiempo o no quieran pararse a estudiar el Codex de WordPress es una auténtica navaja suiza.
Pero para los usuarios normales también es muy útil, por ejemplo cuando quieres hacer cambios en tu theme pero tienes miedo de estropear algo. Sabiendo lo que hace cada cosa en el theme será más sencillo.
La única pega que tiene es que está en inglés, pero si lo dominas medianamente no vas a tener problema.
Además también sirve como base para crear tu propio theme, porque viene con características como diseño sensible (para dispositivos móviles), menús, sidebars y widgets personalizados, comentarios, categorías, tags, etc.
Naked WordPress (zip 38Kb) se puede descargar gratuitamente, aunque también puedes realizar un donativo.